Treze anos antes da batalha atual, Kanon, irmão gêmeo de Saga de Gêmeos, foi aprisionado na prisão do Cabo Sunion, onde encontrou um caminho que leva a Fortaleza Submarina de Poseidon. No Templo Submarino, estão guardadas a ânfora na qual a alma de Poseidon foi aprisionada e as Escamas dos Sete Generais Marinas.
Nesta Saga, Saori(Athena) está novamente encrencada. O único meio conseguir resgatálá é derrotando as sete marinas e destruir seu respectivos pilares.
Seiya e os outros encontram muitas dificuldades, pois as armaduras dos inimigos são feitas de escamas que parecem impossíveis de serem quebradas. Mas graças à ajuda de Kiki que estava com a armadura de Libra, os cavaleiros seguem em frente.
Shiryu e Hyoga chegam ao templo através de uma passagem nos cinco picos antigos.
Hyoga, Seiya e Shun vão separadamente até o pilar do Atlântico Sul, Seiya é o primeiro a chegar e encontra Marin, que tira a máscara e mostra para o Cavaleiro de Pégasusque é Seika, sua irmã.Seiya fica emocionado, mas logo é atingido por um golpe e tomba.
É entre grandes conflitos e inimigos cada vez mais poderosos que os Cavaleiros de Athena vão correndo contra o tempo para conseguir salvar a Deusa Athena. Poseidon parece ser bem mais forte do que os inimigos anteriores e passa a dar muito mais trabalho do que se imaginava.